FIJI (ImageJ) 图像处理合集

ImageJ可以打开CAI格式，尼康的2084的原始格式等等。 将图片直接拖拽到imageJ软件上。 会弹出一个窗口 这个窗口就是告诉我们：关于这个图像的原始格式是否需要进行设置。通常使用默认的，点击Ok。 就可以打开这个图像 如果打开后图像的伪彩颜色不正常怎么办？ 这时可以打开Image->Color->Channels Tool

就可以设置图像伪彩颜色

Color模式：是指定显示一种伪彩颜色。

Composite:是显示多通道叠加之后的颜色。 Crayscale：显示的是灰度，不带伪彩。 Color的More里边可以更改伪彩颜色。

通道拆分：Image->Color->Split Channel 通道合并：Image->Color->Channel Tool 图片导出：1. Image->Type->RGB Color 2. File->Save As->Tiff

通常需要有一个习惯，每次打开一张图片,把当前的图像复制一份，接下来的操作只对复制的这份进行，不会影响和更改原始图像。 在图片上点击右键，然后点击Duplicate，点击OK。 如果想得到这个图片每个单通道的图片。 通道拆分：Image->Color->Split Channel 通道合并：Image->Color->Channel Tool 图片导出：1. Image->Type->RGB Color 2. File->Save As->Tiff

当前的图是16bit的灰度图，如果想存成一张彩色图的话，需要改变图像的颜色模式。

保存Tiff

单通道保存好了，接下来存多通道的图像。 然后图片导出：1. Image->Type->RGB Color 2. File->Save As->Tiff

测量使用的工具是Analyze->Measure 设定测量参数在Analyze->Set Measurements

Area面积、Mean gray value平均荧光强度、Min&max gray value某一区域的荧光强度最大值最小值、Centroid中心点的位置、Ferets diameter长短轴及长短轴的比值等等。 选择一个区域，可以选择的图形工具包括矩形、圆形、不规则图形等等。 矩形： 选好区域之后，点击Measure 圆形： 不规则图形：

直线：测量两点之间距离

夹角：测量角度 测量好之后，可以在Results窗口中，选择File->Save As 测量好的参数会被存成CSV格式，可以在excel里边进行数据的统计和分析。

步骤大概是： Step1、图像模糊：Process->Filter->Gaussian Blur Step2、图像分割：Image->Adjust->Threshold Step3、精细分割：Process->Binary->File Holes Process->Binary->Watershed Step4、颗粒计数：Analyze->Analyze Particles Step5、图形测量：原图->ROI Manager->Measure 首先打开一张图 进行模糊处理，使图片看起来更加平滑。 Process->Filter->Gaussian Blur 选择一个Sigma系数，Sigma系数越高，图像越模糊。 图像分割：Image->Adjust->Threshold 图像变为黑白两色。

精细分割：Process->Binary->File Holes Process->Binary->Watershed 遗漏的孔洞会被填充上。 将没有完全分割的细胞进行分割。 颗粒计数：Analyze->Analyze Particles 图片中有一些很小的结构，这些结构可能是杂质，不是我们想要的细胞结构，我们应该过滤掉。我们可以通过识别图形的大小做一个筛选，把过小过大的去掉。 Size是通过大小过滤； Circlarity是通过是否接近圆形来过滤； Show是选择过滤之后图形的展示方式； Exclude on edges是排除边缘的细胞； Summarize是细胞个数和各种测量参数；

原图->ROI Manager->Measure

用直线工具画在标尺上。

Analyze->Set Scale Distance in pixels:刚刚画出的直线有多少pixels。这个不用改 Known distance:画出的这条线的真实长度是多少。 所以将Known distance改为：50， 单位Unit of Length改为:micron微米 下面有一个Scale值：2.2133pixels/micron 打开新的一张图片 两张图片的尺寸就是一样的。

添加标尺： Analyze->Tools->Scale bar